一、可通过自然人电子税务局扣缴端申请

1.登录扣缴端后，在“代扣代缴”界面，点击左侧菜单【退付手续费核对】；2.系统自动弹出“确认信息”提示框，点击【确定】，系统自动带出单户核对清册；3.核对2021年度扣缴税款信息，核对无误后，点击【下一步】；4.查看并确认结报单，点击【申请退库】；5.系统弹出“代扣代缴手续费退费申请”查看申请手续费金额，选择“开户银行”-“银行账号”，点击【提交】，提示信息“确认成功”弹框，点击【确定】，完成后系统将推送至税务机关及国库审核，审核通过后，申请的手续费将退到扣缴义务人办理退付手续费时选择的银行账户内。

二、可通过自然人电子税务局WEB端申请

1.登录首页-单位办税-扣缴申报-退付手续费核对，点击【退付手续费核对】，再点击【获取结报单】按钮获取结报单和核对清册；2.核对清册核实无误后，可点击【下一步】确认结报单；3.结报单确认无误后，点击【申请退库】按钮，弹出“代扣代缴手续费退费申请”界面，选择“开户银行”-“银行账号”，点击【提交】，提示信息“确认成功”弹框，提交申请后，系统将自动启动手续费退付流程，可通过界面查询当前结报单编号的申请状态。如果扣缴义务人的员工人数超过web端系统设置的300人的限制，则【退付手续费核对】需要通过自然人电子税务局扣缴端申请。

以上内容仅供参考，具体以最新法律法规及相关政策规定为准。